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子宫内膜异位症虽属良性疾病，但它表现的细胞增生、浸润、复发等恶性行为，使之成为难治之症。除期待疗法外，子宫内膜异位症的治疗目前主要包括药物治疗、手术治疗等方法，主要强调目的性，即预防及控制疼痛，减缩及去除病灶，治疗及促进生育，预防及减少复发。
1.药物治疗
药物治疗以减缓疼痛为主，也可以作为手术治疗的辅助手段，包括术前药物治疗、术后药物治及单纯药物治疗。
1.1促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）
GnRH-a稳定性、与受体亲和力都比GnRH高，因此可以竞争性抑制GnRH的作用，间接抑制卵巢分泌性激素，出现暂时绝经使病灶萎缩退化，来达到治疗的目的。但长期服用会出现骨质丢失的情况，使腰椎、股骨颈等部位出现问题。
1.2米非司酮
米非司酮主要是拮抗孕激素，下调雌、孕激素受体，促进子宫内膜腺体和间质的细胞凋亡，抑制子宫内膜异位的种植。治疗疗效在90%以上，且副作用相对较小，对卵巢储备功能、生育、月经无不良影响。
1.3孕三烯酮
孕三烯酮具有抗雌激素、抗孕激素和抗促性腺激素的作用，能使异位的子宫内膜萎缩。治疗后复发率与GnRH相近、副作用较轻，价格便宜，也是手术后辅助治疗的首选。
1.4芳香化酶抑制剂
芳香化酶抑制剂是雌激素合成的限速酶，其治疗机制一是通过抑制卵巢和卵巢外组织P450arom的活性，降低血清和局部病灶雌激素的浓度；二是降低异位病灶局部P450arom的表达，从而抑制或阻断上述不利的正反馈，达到治疗目的。对绝经前后的患者都有效，不良反应轻、与其他药物合用还可减轻骨质丢失的情况。
1.5中医治疗
中医药对子宫内膜异位症有一定的临床疗效，多和辅助生殖技术合用，通过改善子宫内膜容受性、排卵功能等来提高妊娠率。
2手术治疗
手术是子宫内膜异位症治疗的主要方式，包括保留卵巢的保守性手术及切除卵巢的根治性手术，临床应用中以保守性手术为主。
2.1开腹手术
开腹手术可以彻底切除深部和大块病灶，可以较好的防止重要结构的损伤，但由于出血量多，容易残留隐匿的、微小的和不典型的病灶，术后容易出现复发，且开腹手术本身容易出现盆腹腔粘连，严重影响术后生育能力的恢复。
2.2腹腔镜手术
子宫内膜异位症由于病变容易导致盆腔结构出现变化，组织粘连、输卵管扭曲、堵塞从而导致不孕的情况，对于有生育需求的女性，腹腔镜手术是比较有效的一种治疗方式，腹腔镜可以很好的恢复解剖结构，改善组织粘连，对机体的创伤较小，有利于预后，提高妊娠率。
2.3聚焦超声消融手术
聚焦超声消融手术属于无创治疗，利用超声波的聚焦性形成焦点，产生巨大的能量，从体外对体内进行精准治疗，对病灶周围的组织没有损伤。此方案可有效解决子宫内膜异位症患者的临床症状，由于几乎无创，对机体产生的应激反应弱，预后快，但该方案目前主要用于腹壁子宫内膜异位症，对其他类型的子宫内膜异位症研究较少。
子宫内膜异位症治疗一般以药物和手术为主，不同的药物和手术方案效果不一，药物和手术可联合使用，具体如何选择需听从临床医生建议。
